Nuo pat septintojo dešimtmečio pradžios mikrobų analizė buvo nuolat tobulinama ir tobulinama. Iš pradžių mikrobų analizė buvo daugiausia naudojama aplinkos mėginiams aptikti, o vėliau palaipsniui išplėsta į medicinos, žemės ūkio, bioinžinerijos ir kt. sritis. Nuolat tobulėjant biotechnologijoms, mikrobų analizė taip pat buvo nuolat atnaujinama ir tobulinama, tapdama svarbia analitinis metodas.
